Generálny sekretár riadi aparát SFZ. 

Je priamym nadriadeným všetkým zamestnancom SFZ, ako aj ostatným pracovníkom SFZ. Generálny sekretár je ustanovený výkonným výborom na návrh prezidenta a svoju funkciu vykonáva v zmluvnom vzťahu k SFZ.

Práva a povinnosti generálneho sekretára SFZ upravujú Stanovy SFZ čl. 61 ods. 3 až 7.

Od 1. januára 2011 je generálnym sekretárom SFZ Jozef Kliment.

Jozef Kliment

Narodený: 29. mája 1964 Nitre

Stav: ženatý

Zamestnanie: generálny sekretár SFZ a delegát UEFA

Vzdelanie: Fakulta telesnej výchovy a športu Univerzity Komenského v Bratislave

Jazykové znalosti: anglicky aktívne, rusky aktívne

Zaujímavosť: Od mája 2007 až do konca roka 2010 pracoval v centrále UEFA ako manažér investičného projektu HatTrick ne oddelení pre rozvoj národných zväzov.