Odborné komisie vytvára (a ruší) výkonný výbor SFZ na základe čl. 63 ods. 2 stanov SFZ, ako svoje poradné a pomocné orgány (obdobne ako UEFA).
Kontrolné orgány a orgány zabezpečenia spravodlivosti vytvára konferencia SFZ schválením príslušných zmien v stanovách SFZ.
Orgány SFZ (čl. 36 ods. 1) slúžia na operatívne riadenie jednotlivých oblastí činností zabezpečovaných v rámci SFZ.
Odborné komisie SFZ
Legislatívno-právna a etická komisia
Komisia pre štadióny a ihriská
Matričná komisia
Kontrolné orgány
Volebná komisia
Orgány zabezpečenia spravodlivosti
Prvostupňový orgán licenčného konania
Odvolací orgán licenčného konania