Žreb 3. kola Slovnaft Cup-u 2013/2014 sa uskutoční vo štvrtok 5. septembra 2013 o 16:00 v budove SFZ.

3. kolo Slovnaft Cup-u sa hrá sa jednokolovo a zúčastní sa ho 16 futbalových klubov - víťazov 2. kola Slovnaft Cup-u.

Corgoňligové kluby budú nasadené, osem víťazov 3. kola postupuje do štvrťfinále Slovnaft Cup-u. Prvé vyžrebované mužstvo bude mať výhodu domáceho prostredia. V prípade vzájomného stretnutia klubu z Corgoň ligy a klubu hrajúceho o dve súťaže nižšie, sa toto stretnutie odohrá na ihrisku klubu z nižšej súťaže.

Termín 3. kola Slovnaft Cup-u 2013/2014 je stanovený na 24. – 25. september 2013.

Do 3. kola Slovnaft Cup-u 2013/2014 postúpili: MŠK Žilina, MFK Ružomberok, Slovan Bratislava, DAC Dunajská Streda, ViOn Zlaté Moravce, FK Senica, Spartak Trnava, MFK Košice, FKS Nemšová, Zemplín Michalovce, 1 FC Tatran Prešov, MFK Tatran Liptovský Mikuláš, FK Slovan Duslo Šaľa, MŠK Rimavská Sobota, ŠKF Sereď, OFK Dunajská Lužná.