Na zasadnutí Športovo technickej komisie vyžrebovali dvojice tímov pre zápasy 2. kola Slovnaft Cupu 2013/2014. Do 2. kola postúpilo 20 mužstiev z 1. kola, ku ktorým pribudlo 12 nasadených mužstiev z Corgoň ligy.

Prvé vyžrebované družstvo získalo výhodu domáceho prostredia. V prípade vzájomného stretnutia klubu z Corgoň ligy a klubu hrajúceho o dve súťaže nižšie získalo automaticky výhodu domáceho prostredia mužstvo z nižšej súťaže.

2. kolo Slovnaft Cup-u sa hrá sa jednokolovo, kluby boli rozdelené do dvoch skupín (Západ, Východ), z ktorých 16 víťazov postúpi do 3. kola Slovnaft Cup-u.

Žreb určil nasledovné dvojice tímov, ktoré budú o postup do 3. kola bojovať 27. alebo 28. augusta. Hrá sa na jeden zápas, v prípade remízy po uplynutí riadneho hracieho času sa rozhoduje v rozstrele zo značky pokutového kopu.

Žreb 2. kola Slovnaft Cup-u 2013/2014

Skupina Západ:

FK DAC 1904 Dunajská Streda – FK Pohronie Žiar n. H. / Dolná Ždaňa
AFC Nové Mesto nad Váhom – ŠK Slovan Bratislava
FC Petržalka 1898 – FC ViOn Zlaté Moravce
FKS Nemšová – Spartak Myjava
Spartak Vráble – FK Senica
ŠKF Sereď – AS Trenčín
OFK Dunajská Lužná – FC Nitra
MFK Skalica – Spartak Trnava
FK Slovan Duslo Šaľa – FC ŠTK 1914 Šamorín

Skupina Východ:

MFK Dolný Kubín – MŠK Žilina
ŽP Šport Podbrezová – MFK Ružomberok
FK Dukla Banská Bystrica – MFK Tatran Liptovský Mikuláš
TJ Baník Ružiná – MFK Košice
MFK Vranov n. Topľou – MFK Zemplín Michalovce
ŠK Milénium 2000 Bard. N. Ves – MŠK Rimavská Sobota
1. FC Tatran Prešov – Partizán Bardejov