2. kolo Slovnaft Cupu sa hrá jednokolovo, v dňoch 28. a 29. augusta. V prípade, že zápas by sa v riadnom hracom čase skončil nerozhodne, o víťazovi rozhodne penaltový rozstrel. 32 tímov bolo teritoriálne rozdelených na dve skupiny (západ, východ). Kluby Corgoň ligy boli nasadené.

FK Senica - FK DAC 1904 Dunajská Streda
FC Petržalka 1898 - FC Nitra
OFK Dunajská Lužná - Spartak Myjava
ŠK SFM Senec - ŠK Slovan Bratislava
AFC Nové Mesto nad Váhom - FC Spartak Trnava
FKS Nemšová - AS Trenčín
OTJ Moravany - ŠKF Sereď
FK Pohronie Žiar NH Dolná Ždaňa - LP Domino Bratislava
MFK Ružomberok - MŠK Rimavská Sobota
MŠK Žilina - Baník Ružiná
MŠK Námestovo - FK Dukla Banská Bystrica
Baník Kalinovo - 1. FC Tatran Prešov
FO ŽP Šport Podbrezová - FC ViOn Zlaté Moravce
FK Poprad / MŠK Fomat Martin - MFK Košice
FC Lokomotíva Košice - FK LAFC Lučenec
Partizán Bardejov - ŠK Odeva Lipany