Na zasadnutí Športovo technickej komisie vyžrebovali dvojice tímov pre zápasy 3. kola Slovnaft Cupu 2013/2014. Do 3. kola postúpilo 16 mužstiev - víťazov 2. kola Slovnaft Cup-u.

Prvé vyžrebované družstvo získalo výhodu domáceho prostredia. V prípade vzájomného stretnutia klubu z Corgoň ligy a klubu hrajúceho o dve súťaže nižšie získalo automaticky výhodu domáceho prostredia mužstvo z nižšej súťaže.

3. kolo Slovnaft Cup-u sa hrá sa jednokolovo, corgoňligové kluby boli nasadené a osem víťazov 3. kola sa kvalifikuje do štvrťfinále Slovnaft Cup-u.

Žreb určil nasledovné dvojice tímov, ktoré budú o postup do štvrťfinále bojovať 24. alebo 25. septembra 2013. Hrá sa na jeden zápas, v prípade remízy po uplynutí riadneho hracieho času sa rozhoduje v rozstrele zo značky pokutového kopu. 

Žreb 3. kola Slovnaft Cup-u 2013/2014

Spartak Trnava - MFK Tatran Liptovský Mikuláš
OFK Dunajská Lužná - Slovan Bratislava
MŠK Rimavská Sobota - FK Senica
FKS Nemšová - MŠK Žilina
MFK Ružomberok - Zemplín Michalovce
 ŠKF Sereď - MFK Košice
FC Tatran Prešov -  DAC Dunajská Streda
ViOn Zlaté Moravce - FK Slovan Duslo Šaľa