Prvé tri kolá Slovnaft Cupu priniesli priaznivcom slovenského futbalu 135 zápasov, ktoré videlo podľa oficiálnych hlásení 48792 divákov, čo svedčí o čoraz väčej obľube pohárovej súťaže. Divácke rekordy padali na zápasoch ŠK Slovan Bratislava vo Varíne (2. kolo, 2500 divákov) a vo Vinici (3. kolo, 2700 divákov).

Z programu 3. kola je potrebné ešte odohrať odožený zápas medzi MFK Tatran Liptovský Mikuláš a MŠK Žilina (29.9.). Na zasadnutí ŠTK však boli, v súlade s reglementom súťaže vyžrebované vetky zostávajúce kolá súťaže, v ktorých platia nasledovné pravidlá:

- právo hrať na domácom ihrisku má klub s nižším vyžrebovaným číslom (v semifinále je to určenie domáceho klubu v prvom semifinálovom zápase)
- hrá sa bez teritoriálneho obmedzenia
- v 4. kole sú kluby najvyšššej ligovej súťaže nasadené
- v 4. kole má právo hrať na domácom ihrisku klub z nižšej súťaže bez ohľadu na vyžrebované číslo
- v 5. kole a vo štvrťfinále má právo hrať na domácom ihrisku klub, ktorý hrá o dve ligové úrovne nižšiu súťaž (3/1, 4/1, 4/2) bez ohľadu na vyžrebované číslo

Hracím dňom 4. kola je 14. október, 5. kola 4. november. Zvyšné kolá súťaže sa odohrajú na jar.

Postupujúce kluby do 4. kola

1. LIGA
AS Trenčín
FC DAC 1904 Dunajská Streda
ŠK Slovan Bratislava
Spartak Myjava
FK Senica
MFK Ružomberok
FC Spartak Trnava
FC ViOn Zlaté Moravce
ŽP Šport Podbrezová
MFK Zemplín Michalovce
MŠK Žilina (v prípade postupu cez MFK Tatran Liptovský Mikuláš)

2. LIGA
MFK Lokomotíva Zvolen
FC VSS Košice
1. FC Tatran Prešov
ŠKF Sereď
AFC Nové Mesto nad Váhom
TJ Iskra Borčice
MFK Dolný Kubín
FK Pohronie Žiar nad Hronom Dolná Ždaňa
FC Nitra
OFK Dunajská Lužná
MFK Tatran Liptovský Mikuláš (v prípade postupu cez MŠK Žilina)

3. LIGA
ŠK Tomášov
FC Rohožník
MFK Topvar Topoľčany
MŠK FOMAT Martin
ŠK Javorník Makov
MFK Nová Baňa
TJ Vyšné Opátske

4. LIGA
ŠK BLAVA 1928 Jaslovské Bohunice
TJ Stráža
OŠK Baník Stráňavy
FK Čaňa